Aliansi ini dibentuk oleh beberapa lembaga yang concern terhadap kebebasan beragama dan berkeyakinan, untuk melakukan kampanye anti kekerasan atas nama agama, dan melakukan advokasi terhadap kelompok-kelompok yang ditindas atas nama perbedaan keyakinan dan agama.

Lembaga-lembaga jaringan Aliansi Kebangsaan untuk Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan:

  1. Indonesian Conference on Religion and Peace
  2. National Integration Movement
  3. The Wahid Institute
  4. Kontras
  5. LBH Jakarta
  6. Jaringan Islam Kampus (JaRiK)
  7. Jaringan Islam Liberal
  8. Lembaga Studi Agama dan Filsafat
  9. Generasi Muda Antar Iman
  10. Crisis Center Gereja Kristen Indonesia
  11. Institut DIAN/Interfidei
  12. Masyarakat Dialog Antar Agama
  13. Komunitas Jatimulya
  14. ILRC
  15. eLSAM
  16. Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI)
  17. Aliansi Nasional Bhinneka Tunggal Ika
  18. Lembaga Kajian Agama dan Jender
  19. Pusaka Padang
  20. Yayasan Tunas Muda Indonesia
  21. Konferensi Waligereja Indonesia
  22. Komunitas Utan Kayu
  23. Anand Ashram
  24. Gerakan Anti Diskriminasi Indonesia (GANDI)
  25. Persekutuan Gereja-gereja Indonesia
  26. Forum Mahasiswa Ciputat
  27. Jemaat Ahmadiyah Indonesia
  28. Gerakan Ahmadiyah Indonesia
  29. Tim Pembela Kebebasan Beragama
  30. El_Ai_Em Ambon
  31. Yayasan Ahimsa (YA) Jakarta
  32. Gedong Gandhi Ashram (GGA) Bali
  33. Koalisi Perempuan Indonesia (KPI)
  34. Dinamika Edukasi Dasar (DED) Jogjakarta
  35. Forum Persaudaraan Antar-Umat Beriman Jogjakarta
  36. Forum Suara Hati Kebersamaan Bangsa (FSHKB) Surakarta
  37. SHEEP Indonesia Jogjakarta
  38. Forum Lintas Agama Jawa Timur Surabaya
  39. Lembaga Kajian Agama dan Sosial Surabaya
  40. LSM Adriani Poso
  41. PRKP Poso
  42. Komunitas Gereja Damai
  43. Komunitas Gereja Sukapura
  44. GAKTANA
  45. Wahana Kebangsaan
  46. Komunitas Penghayat
  47. Forum Mahasiswa Syariah se-Indonesia NTB,
  48. Relawan untuk Demokrasi dan Hak Asasi Manusia (REDHAM) Lombok
  49. Forum Komunikasi Lintas Iman Gorontalo
  50. Crisis Center SAG Manado
  51. LK3 Banjarmasin
  52. Forum Dialog Antar Kita (FORLOG-Antar Kita) Sulawesi Selatan Makassar
  53. Jaringan Antar-iman se-Sulawesi,
  54. Forum Dialog Kalimantan Selatan (FORLOG KALSEL) Banjarmasin
  55. PERCIK Salatiga
  56. Sumatera Cultural Institut Medan
  57. Muslim Institut Medan
  58. PUSHAM UII Jogjakarta
  59. Swabine Yasmine Flores-Ende
  60. Komunitas Peradaban Aceh
  61. Yayasan Jurnal Perempuan
  62. AJI Damai Yogyakarta
  63. LBH Padang
  64. Lensa NTB
  65. PP Fatayat NU
  66. Kapal Perempuan
  67. Aliansi Masyarakat Depok Cinta Damai
  68. AKUR Bandung
  69. AKUR NTB
  70. IPTP
  71. Rumah Indonesia
  72. Gerakan Nurani Ibu